Педагогикалық кеңес – бұл лицейдің барлық іс-әрекетін басқарудың тұрақты органы. Педагогикалық кеңестің міндеті – тұтас педагогикалық процестің сапасын арттыруға мұғалімдер ұжымының күшін үйлестіру және біріктіру, білім беруді гуманитарландыру және ізгілендіру. Оқу, тәрбие, білім беру ісін қазіргі заман талабына сай басқару. Педагогикалық кеңес мүшелері болып барлық педагогтар, психология қызметкерлері, дәрігер, ата-аналар комитетінің басшылары кіреді. Лицей директоры педагогикалық кеңестің басқарушысы.